Build Settings の Library Search Paths に存在しないファイルが指定されていることが原因です。
以下実例。

ld: warning: directory not found for option '-L/Applications/Xcode.app/Contents/****'

Xcodeを4.3にアップデートすると、次のようなエラーを出力するようになりました。
どうやらXcode.appの位置が/Developer/Applicationsディレクトリから通常のアプリケーションディレクトリへ変更されたようです。

私の場合はこの変更によりAdMobのライブラリがリンク切れしてしまったため、再度プロジェクトに追加し直したのですが、追加するだけだと Library Search Paths に以前の設定が残っているため、上記のような警告が出力されたようです。
(左カラム最上部のプロジェクトファイル) > TARGETS > Build Settings と進み、Search Paths > Library Search Pathsから不要なパスを削除することで、この問題を解決することができます。